进料加工贸易中，进口料件和出口成品是两笔独立的交易，进料加工的企业需自筹资金从国外购入料件，然后自行向国外市场销售，而装配加工贸易则进、出为一笔交易的两个方面料件和成品的所有权均同委托方所有，承接方无需支付进口费用也不承担销售风险。
进料加工贸易中，企业所获得的是出口成品的利润，利润的大小取决于出口成品的市场行情、而加工装配贸易，承接方收取的是工缴费，工缴费的大小以劳动力的费用，即工资水平作为核算基础。两者相比，进料加工贸易的收益大于加工装配贸易，但风险也较大。
进料加工贸易，企业有自主权，根据自身的技术、设备和生产能力，选择市场上所适销商品进料加工。而加工装配贸易，则由委托方控制生产的品种、数量和销售地区。