保税物流，是指经营者经海关批准，将未办理纳税手续进境的货物从供应地到需求地实施空间位移过程的服务性经营行为。随着经济全球化及国际物流多元化发展，保税物流功能及业态从单一仓储、物流配送转向供应商管理库存、全球配送、大宗散货混配、展示交易、金融质押等高端业态，以满足跨国采购、区域配送中心、高端制造等现代物流及生产企业需求。保税物流的功能及业态如下：
保税仓储
国际、国内生产及消费所需的大到海上钻井平台、大型远洋货轮、飞机、大宗矿石、玉米棉花等农产品、工业原料如各种塑料颗粒等，小到芯片、笔记本电脑、手机、高端游戏机，以及奶粉、食品饮料、化妆品等电商热销商品，除国家禁止进出口货物外，保税仓储货物几乎涵盖了生产及生活的全部商品。综保区内货物可以来源于国内、国外，也可以是区内生产。
缓征税款
相对于一般贸易进口时一次性支付货物全部税金，货物进入综保区后缓税，待国内客户有需求时，再纳税出区销售；在国外行情较佳时，可以出区运至国外销售。例如，贸易商将天然橡胶运入临近国内外交通枢纽、中国橡胶集散地的某综合保税区内，根据行情在我国卖出或运往其他国家销售。
国际及国内物流配送
在保税仓储的基本功能上，可以综合利用综保区临近国内外物流枢纽、国内外货物同时聚集、暂缓征税、整进分出、分送集报等优势，发展面向国际及（或）国内的配送中心。例如，某高端品牌汽车生产商，在综保区内建立汽车维修零部件亚太地区配送中心，将从欧洲采购的零配件集中运往综保区仓储，根据国内分销商及4S店、亚太地区10多个国家或地区的订单需求，提供24小时配送服务。与将配送中心设在欧洲或者零部件采用一般贸易完税后进口相比，以上做法可以同时响应我国及亚太其他国家或地区需求，缩短配送时间，降低配送成本。
一线进出境免证
综保区与境外之间进出的货物，除有特殊规定的少量商品外（如精神药品、特殊种类冻鱼），原则上不实行进出口配额、许可证件管理。属于配额、许可证件管理的货物，出区进入国内或者国内货物出口入区时，才需要提供配额、许可证件。企业可以将进口时需要提交许可证件、配额的商品先行进口至综保区内，为办理相关许可证件争取时间，获得证件后再通关进口至国内。除了配额、许可证件管理外，减免税货物也可以享受有关优惠，如我国远洋渔业自捕水产品，在国外海域捕获并运回国内后，先行存入综合保税区或者保税仓库等保税监管场所，待办理完相关减免税手续后再进口至国内销售。
物流增值服务
综保区内物流企业可以对保税货物开展流通性简单加工和增值服务，主要是分级分类、组合包装、打膜、刷贴标志、改变包装、拼装等辅助作业，以更利于运输或实现商品增值。例如，某知名电脑销售公司，将多家国内工厂生产的显示器、键盘、机箱等在综保区内装配组装，再将整机出口至欧美发达国家，改变此前各个工厂先将组件分别出口至中国香港或美国，再利用当地昂贵劳动力组装的境况。有的企业将从中国香港或者毗邻国家（地区）进口的大理石或花生等在综保区进行挑选（筛选）、分级、重新装箱后，再运至中国香港，虽产生额外仓储及运输费用，但相比在中国香港作业，成本仍然较低。
展示交易
区内企业可以在综保区规划面积以内、围网以外综合办公区专用的展示场所，或者综合保税区以外其他固定经营场地举办商品展示、销售活动。企业开展展销活动招商，供潜在国内客户或消费者进行实物测评、贸易洽谈，节省出国考察成本。双方达成交易后，再办理纳税等通关手续进入国内流通；如果货物无法在国内交易，可以返回综保区内择机再次进入国内展示交易，或者转运至其他国家或地区。
进口货物预检
某国内工厂进口电子元器件，因生产需要对料件精度要求极为严格，进口至厂内检测发现质量问题后退运出境、调换后再次进口，作业及退换周期长且成本高。后来工厂改变运作模式，先将元器件进口至综保区内进行质量预检测，质量合格的料件进口报关后运至工厂投产，不良品在综保区内暂存，积累到定量后退运回原产国修复，操作手续简便，有效降低了成本。
货物整进分出
货物可以大批量从境外或者国内入区，根据客户需求零星出区，实现货物小批量、多批次地运往境外或国内，避免整批货物一次销购、纳税的压力。